Die Geschichte des Ortes Eldena ist eng verbunden mit der Entwicklung des Klosters Hilda / Eldena. Der Mönchorden der Zisterzienser hat bei der Kultivierung und Erschließung des Gebietes südlich und südwestlich des Greifswalder Boddens sehr viel geleistet. Fruchtbares Ackerland entstand, wo früher Wald war. Fischerei und Teichwirtschaft wurden betrieben. Dabei war die Verteilung der Aufgaben klar geregelt. Die unterste Schicht der klösterlichen Hierarchie bildeten die Klosterverwandten (Familiaren).Es sind die Klosterknechte und Tagelöhner, die dem Kloster gegenüber im Lohnverhältnis standen und nicht an die Ordensregeln gebunden waren, jedoch unter die klösterliche Gerichtsbarkeit fielen. Danach folgte die Gruppe der Konversen, zu welcher die Bauern und Handwerker zählten, die für die klösterliche Eigenbewirtschaftung unentbehrlich waren. (L.Mohr: Zur Geschichte des Klosters Hilda und des Ortes Eldena).Der Konvent wiederum bestand aus Mönchen mit empfangener Priesterweihe und Mönchen, die Adels- und Patriziergeschlechtern entstammten. An der Spitze des Klosters standen der Prior und letztlich der Abt. Durch Schenkungen gelangte das Kloster nach und nach zu reichem Grundbesitz. Ihm wurde daher das Recht zuerkannt, zur Bewirtschaftung des Landes Ansiedler aus Dänemark und weiteren nordischen Ländern, aus anderen Regionen Deutschlands sowie aus slawischen Ländern zu berufen. So entstand in der näheren und ferneren Umgebung Eldenas eine Vielzahl von Siedlungen. Ortsnamen wie Brünzow, Loissin oder Kemnitz dürften slawischen, Wampen, Ladebow und Dänische Wieck dänischen, Weitenhagen, Hanshagen und Friedrichshagen deutschen Ursprungs sein. Bereits nach der Gründung des Klosters waren Kolonisten auch in unmittelbarer Nähe des Klosters angesiedelt worden. Zwischen 1633 und 1698 werden neben den Hütten dieser Siedler bereits eine Windmühle und eine Schenke (in der Nähe der heutigen Klosterschenke, auf halbem Weg zwischen Mühle und Kloster gelegen) sowie der herzogliche Amtshof und eine Brauerei erwähnt. Die Klosterbrauerei stellte ihre Produktion erst im Jahre 1932 ein. Die politischen Konflikte, die nicht selten in militärische Gewalt mündeten, gingen auch an Eldena nicht spurlos vorbei. Erst nachdem sich die Schweden im Jahre 1815 auch aus dem westlichen Vorpommern zurück ziehen mussten (das Gebiet wurde Preußen angegliedert), begann sich Eldena stärker zu entwickeln. Insbesondere die im Jahre 1835 in Eldena gegründete Staats- und Landwirtschaftliche Akademie der Universität Greifswald (zunächst im heutigen Forstamt, später in einem neuen Gebäude in der Hainstraße angesiedelt) ist in diesem Zusammenhang zu nennen. Bis zu dieser Zeit war Eldena ein elendes, in Schmutz versunkenes Katendorf, in dem nur das Haus des Gutspächters massiv gebaut war, wie ein Chronist berichtet. Befestigte Wege fehlten, die Straße nach Greifswald war ebenfalls ungepflastert. Ein Vierspänner soll 90 Minuten von Eldena nach Greifswald benötigt haben. Die Akademie und die mit ihrem Betrieb verbundene Verbesserung der Infrastruktur förderte den Zuzug nach Eldena. Gab es im Jahre 1767 erst 79, waren es 1840 bereits 340 Einwohner. 1877 zählte man in Eldena 51 Häuser mit 634 Einwohnern, im Jahre 1900 war die Zahl der Einwohner auf 729 gestiegen.
Auf der im Jahre 1840/41 gebauten Chaussee zwischen Greifswald und Eldena konnten Professoren, Studenten und Einwohner nun mit einem von Pferden gezogenen Omnibus oder mit der Kutsche fahren. Ab 1898 gab es eine Kleinbahnstrecke vom Bahnhofsvorplatz in Greifswald über Wieck, Eldena und Hanshagen nach Wolgast. Die landwirtschaftliche Akademie stellte während des 2.Weltkrieges ihren Lehrbetrieb ein. In der DDR beherbergten ihre Gebäude eine landwirtschaftliche Ingenieurschule, heute nutzt eine Berufsschule die Räume. Genannt werden muss auch die Eldenaer Bockwindmühle, die bereits im Klosterinventar von 1633 erwähnt wurde.