Im Jahre 1193 erhielt das Kloster Dargun (die Mönche dieses Klosters stammten aus dem dänischen Zisterzienserkloster Esrom) eine Salzpfanne in Eldena geschenkt.  Als in der kriegerischen Auseinandersetzung zwischen dem dänischen König Knut VI. und den Pommernherzögen Dargun zerstört wurde, flohen die Mönche im Jahre 1199 nach Eldena. Jaromir I. von Rügen und Bischof Sigwin von Cammin konnten erreichen, dass die Mönche in Eldena blieben. Im Jahre 1204 bestätigte Papst Innozenz III. dem monasterium hildense den Landbesitz. Die Klosterkirche der Mutter Gottes wurde 1207 geweiht. Im Jahre 1209 erhielten die Mönche das Recht, auf ihrem umfangreichen Landbesitz dänische, deutsche und slawische Handwerker und Kolonisten anzusiedeln sowie Pfarreien zu gründen. 1249 wurde die Stadt Greifswald gegründet. Der Abt des Klosters erhielt das Patronat über die Greifswalder Kirchen. Das Kloster besaß ab 1360 auch die ganze Halbinsel Mönchgut (Rügen). 1378 tauchte erstmals der Name das "Kloster tho der Eldena" auf.
 Das Kloster nahm Einfluss auf die 1456 erfolgte Gründung der Greifswalder Universität. Die Entwicklung des Klosters verlief nicht immer gradlinig. So hatte etwa der Abt Grogorius , der durch sein leichtfertiges, den Klosteregeln keineswegs entsprechendes Leben in seiner vierjährigen Amtszeit, die bis 1490 währte, das Kloster um 6000 Dukaten erleichtert. Er hatte zur Finanzierung seines ausschweifenden Lebens aus dem Klosterschatz wertvolle Kleinodien verkauft.
Das Kloster wurde auch Grabgelege pommerscher Herzöge.
Nach der Reformation war das Kloster im Jahre säkularisiert worden. Die Herzöge Barnim IX. und Philipp I. nahmen Wertgegenstände des Klosters an sich. Das Feiern der heiligen Messe wurde den verbliebenen Mönchen untersagt. Im Jahre 1547 starb Prior Michael Knabe als letzter Mönch des Klosters Eldena.
 Die Klostergüter wurden nun durch das herzogliche Amt verwaltet. Die Gebäude begannen schließlich zu verfallen. Herzog Bogislaw XIV. schenkte den gesamten Klosterbesitz der Greifswalder Universität. Während des Dreißigjährigen Krieges setzen im Jahre 1637 die Schweden das Kloster in Brand. 1635 und 1684 diente das Kloster als Lieferant für Steine. Allein 1684 wurden 17.000 Steine für Befestigungsanlagen herausgelöst. Auch die Universität beteiligte sich später an diesem Tun.
 Den weiteren Abbruch stoppten die Zeichnungen der Klosterruine von C. D. Friedrich. Der Konservator Dr. Schilling liess die Umgebung des Klosters säubern, während Lennè, Generaldirektor der königlichen preußischen Gärten,  die Anlage gestaltete.
Bis heute sind u.a. Teile des Chores der ursprünglich 72 m langen Klosterkirche, drei Vierungspfeiler, die Westfront mit dem Spitzbogenfenster (16,50 hoch) und dem Treppenturm sowie der Ostflügel der Klostergebäude erhalten geblieben.


�„bte des Klosters Eldena : Liwinius 1193-1207, Sueno I. 1207-1215, Johannes I. 1234-1241, Andreas 1241, Sueno II. 1249-1254, Christian 1256, Reginarus 1265, Rudolph 1270-1274, Johannes II. 1275-1290, Hermann I. 1293, Nikolaus I. Witte 1294-1295, Heinrich I. 1297-1303, Jakob Stumpel 1304-1306, Heinrich II. 1306-1309, Robert 1319, Johannes III. v. Hagen um 1325, Arnold v. Lübeck um 1329, Gerhard I. 1335, Heinrich III. 1337, Gerhard II. 1341, Martin 1347-1367, Johannes IV. Rotermund 1369, Johannes V. 1369-1388, Johannes VI. 1392-1415, Nikolaus II. 1415-1434, Hartwich 1436-1447, Everhard 1448-1452, Sabellus Crugher 1455-1456, Theodorich 1458, Hermann II. 1459-1470, Johannes VII. 1470-1473, Nikolaus III. 1473-1486,  Gregorius Groper 1486-1490, Lambert v. Werle 1490-1499, Mathias 1499-1510, Enwaldus Schinkel 1510-1535.  

Priore des Klosters Eldena: Sueno 1207-1215 (später Abt), Rudolph 1266-1274 (später Abt), Hyldolphus 1280, Gherardus 1280, Heinrich 1294-1297 (später Abt), Hermann 1300-1309, Fredericius 1319, Johannes 1329, Heinrich 1336-1337 (später Abt), Martin 1341-1347 (später Abt), Dyrbernus 1347, Jacobus 1357, Johannes 1365-1369 (später Abt), Petrus 1382-1383, Wilhelmus 1394, Johannes 1443, Marquardus 1452-1460, Ghert Krat 1477, Michael Sasse 1490-1494, Christian Schulteke 1516-1520, Michael Knabe 1524-1547. Zusammengestellt von Lutz Mohr (nach Theodor Pyl).